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本制品是基于沙门氏噬菌体T3 RNA聚合酶的RNA体外转录试剂盒，它利用含有T3启动子的模版DNA，以NTP为底物，从T3启动子下游开始合成与模板DNA中一条链互补的RNA，简单快速获得大量的RNA分子。得到的RNA可以用于RNA结构研究、核解生物化学、体外翻译、RNA-蛋白质相互作用、反义技术、SELEX技术和RNA干扰（RNAi）等实验。

• 即开即用，用户只需提供含T3启动子的DNA模板即可以进行体外转录实验，不需单独准备每一个成份。
  
• 单溶液预配液，减少加样次数，避免了操作误差，增加了可重复性。
  
• 模板DNA可以是线性化的质粒DNA，也可以是PCR扩增产物。
  
• 可以合成的RNA的最佳长度在20～5000nt之问。
  
• 产品配方经过精心优化，每微克DNA模板可以合成2～6μg RNA。

PCR片段和质粒DNA都可以用作体外转录的模板，但是必须注意以下几点。一是必须使用线性化的DNA。如果是质粒DNA，则必须先用适当的限制性内切酶切成线状。二是需要转录的DNA序列的上游必须有T3启动子。如果模板是PCR产物，则可以在设计引物时将T3启动子序列（5' AATTAACCCTCACTAAAGG 3'）加上。如果是将DNA片段克隆到载体上，则需要选择有T3启动子的载体，并且克隆位点必须位于T3启动子下游。三是需要转录的DNA序列的下游端最好不要是3'突出。如果是3'突出（如选择了Pst I来线性化质粒），则最好用T4 DNA聚合酶修平。四是必须保证DNA模板中没有RNase。由于提取质粒DNA的过程中一般要使用大量的RNase A，因此质粒DNA一般都有严重的RNase A污染，所以在用作模板前，最好采取胶回收得方法回收质粒DNA。并且加入少量总RNA一起保温，然后电泳检测RNA是否被降解，以此判断纯化的DNA模板是否有残留RNase A。

• 如果有N个样品，强烈建议做一个阴性对照，故共设置N+1个反应，这样一起并排电泳时容易判断哪个条带是模板DNA，哪个条带是扩增得到的RNA。在N+1个RNase-free的塑料离心管中，在室温下（不是在4℃下）按次序加入下列成分：
  

  成分	N个样品管	阴性对照
  DNA模板	各50ng（PCR片段模板）或各1μg（质粒模板）
  2×T3转录预配液	10μL	10μL
  T3 RNA聚合酶混合液	1μL	不加
  RNase-free水	至20μL	至20μL

  • 此为20μL反应体系的用量，对其他体积的反应体系，各成分的用量可以按比例增减。如果需要标记RNA探针，则需要另购NTP与2×T3转录预配液分开提供的试剂盒。如果需要得到加帽RNA，则需要加入自备的加帽修饰核苷酸。
• 37℃保温1～2小时。
  • 延长保温时间并不能提高产量。
• 70℃加热10分钟灭活T3 RNA聚合酶。
  
• 取1～3μL电泳检测转录效果。比阴性对照多出的条带就是扩增得到的RNA（由于检测时的电泳不需要碱变性胶，并且合成的RNA长度不一定均匀，即使长度均匀，但由于自生形成发夹结构，因此不一定呈现清晰的电泳条带。但由于RNA是单链，分子量比同样长度的DNA小一倍，因此转录得到的RNA一般比其模板电泳速度更快。
  
• 定量，可以用自备的单链RNA定量试剂盒检测浓度，也可以肉眼比较电泳胶上RNA和DNA的强度。由于RNA是单链，跟核酸染料结合力低，因此同等亮度的RNA条带，其RNA分子数一般比DNA的分子数多一倍。使用本试剂盒时1μg DNA模板一般可以合成2～6μg的RNA。
  
• 得到的RNA可以放-80℃保存（溶液中有DNA模板和未使用的NTP）。

• 在体外转录结束后，在反应体系中加入3～5U自备的RNase-free DNase。
  
• 37℃保温15～30分钟。
  
• 补水到100μL，
  
• 用自备的等体积（100μL）的Tris饱和酚-氯仿抽提一次去除残留的DNase和RNA聚合酶。
  
• 在上清中加200μL自备的微量核酸沉淀剂(用前需要摇晃混匀)，振荡后15000rpm离心3～5分钟，弃上清。
  
• 加入1mL 75%乙醇，震荡10秒后15000rpm离心3～5分钟，弃上清。
  
• 短暂离心数秒，用枪头吸弃上清。
  
• 晾干半分钟，所得沉淀即去除DNA模板后的RNA。可溶于RNase-free水中后立即使用或放-80℃长期保存。

• 没有RNA产物。
  最常见原因是DNA模板有RNase污染，测试方法是将纯化的有两条典型RNA条带的总RNA跟模板DNA一起保温，再检测RNA是否降解。本试剂盒缓冲液和酶混合液中有RNase inhibitor，如果模板RNase污染严重，可能需要用户补加RNase inhibitor。
  
• RNA产量低。
  最常见的原因是DNA模板序列。在转录序列的第一个和第二个碱基最好都是G，在前14个碱基内避免有U存在。
  
• RNA长度比预期的短。
  可能是模板序列中有T3 RNA聚合酶的终止序列。可以改用SP6或T7体外转录试剂盒（启动子也必须做相应的改变）。
  
• RNA长度比预计的长。
  T3 RNA聚合酶跟Taq DNA聚合酶一样，有不依赖于模板的加尾功能，最多有一半的RNA可以带一个或两个碱基的尾巴。如果RNA长度比预计的长很多，使用的模板又是质粒DNA，则可能是质粒DNA线性化不彻底。
  
• 5'单磷酸还是三磷酸。
  如果使用GTP，则得到的RNA是三磷酸，体外转录时如果保温时间太长（如12小时），则有50%的三磷酸会变成单磷酸。如果在转录体系中加入GMP，则T3 RNA聚合酶将优先使用GMP，所得RNA产物中5’端是单磷酸的比例将大大增加。
  
• 如何得到带帽RNA？
  需加入带帽NTP类似物即可，NEB提供5种供选择。